黄裳将《九阴真经》交给好友海云子保管后，海云子唯恐经书被歹人拿去，于是将其藏于华山石鱼的腹中，并将取书之法隐藏到一幅画中。五十年后，王重阳的师父清虚散人，华山避雨偶然得到此画，后又传给王重阳。十年之后，王重阳终于从石鱼腹中取出了《九阴真经》。
却说北宋政和年间，徽宗皇帝信奉道教，遍搜普天下道家之书，年近古稀的福州知府黄裳受命雕版印行。黄裳唯恐经书文字出了差错，遂逐字逐句，细心校读，不想竟无师自通，从《万寿道藏》中悟得了武功中的高深道理。
此时波斯明教传入中土，因其行事诡秘，行为乖张，皇帝下旨命此时已七十六岁高龄的黄裳派兵前去剿灭。官兵无能败退，黄裳心下不忿，单人匹马杀伤了明教众多高手，由此引来众多仇家寻仇。
黄裳寡不敌众，只得拼命逃走，不想那些仇家气愤不过，将黄裳家人悉数杀害。为报仇雪恨，黄裳隐居僻静之所，苦思破解敌人武功之道，日思夜想，不觉竟已过了四十多年。
待到黄裳重出江湖，发现仇家均已死去，就算是昔日余下的一位少女，也已变成老婆婆，病骨支离，奄奄一息。
黄裳积压在心底数十年的深仇大恨，顿时消失无踪，对自己为仇恨而偏执也感慨万分，为免心血绝就此湮没，遂将毕生所学写成《九阴真经》，交给自己好友崆峒派名宿海云子，希望他能传于后世。
十年后，昆仑五老上门强借。岂料，海云子早有防备，提前早就准备好了一个伪本。为消除对方疑虑，甚至不惜远赴千里之外的敦煌，从祁连山的石窟中取出经书，亲手送给昆仑五老抄录。
昆仑五老喜出望外，返回昆仑山，依着经书上记载的经文开始练习，不想一年之后，昆仑五老渐觉不对，不仅武学没有提高，还下降不少，这才反应过来，上了海云子的大当，那九阴真经定然是假的。
昆仑五老勃然大怒，要找海云子晦气，岂料，海云子早已带着九阴真经来到了中原，不知所终。为逼海云子现身，昆仑五老将九阴真经之事在江湖上大肆传扬，使得不知多少武林豪杰为此大打出手，互相残杀而死。
这年，终南山道士清虚散人到西岳华山访友，不巧寻隐者不遇，为免空手而回，清虚散人索性在华山住下，四处游玩，凡华山名胜，诸如黄龙洞，百转峰，上天梯等皆游历殆遍。
一日，清虚散人游至华山玄武岩顶，忽然狂风大作，黑云满天，清虚散人为避滂沱大雨，随即走到玄武岩下，躲进宽有数尺，深有一丈的天然间缝，但见此处，藤蔓四垂，杂花盛开，矮松怪树，缝隙伸出。
一会儿雷电交加，大雨倾盆，就在清虚散人欣赏这雨景之时，忽然洞壁发出如鸣金玉的古筝之声。大吃一惊的清虚散人甚是不解，立即右耳附在岩壁，细听筝声，那筝声虽不成曲韵，却也清脆悦耳，仿佛弹者轻拢慢捻在那里清弹。
清虚散人再也忍耐不住，高呼几声，见无人应答，随即退后几步，气纳丹田，用排山倒海的劲力，双掌拍向石壁，只听轰隆一声，石壁向右移开三尺，露出一间石室。
只见那石室，室形如斗，六尺见方，正中端坐一具骷髅，双手下垂，如同老僧入定，骷髅前一把形式奇古的古筝，精钢制成，乌黑晶亮，弦线完好如常。石室上有一小洞，雨中从中滴落，正好打在弦线之上，发出叮咚之声。
骷髅背后，挂有一张华山风景的水墨画图，画纸虽黄，却并未霉烂，而且画轴也十分完好，画图旁边，刻有几行石字，清虚散人上前细看，这才得知了骷髅的来历。
原来，五十年前，拿着九阴真经归隐的海云子，唯恐此等武学瑰宝毁在自己手上而惴惴不安，又怕经书落到匪人手里，成为武林毒瘤，两难之下，这才来到华山，将经书埋在隐蔽之处，又将藏经之所隐寓画中，以期有缘人得之。
清虚散人见海云子为护经书，此志不渝，直至一息尚存，寿元将尽，心内感动，于是掩埋了海云子的骸骨，将画图揭下，藏在在怀中，又恐留下别的遗物，在洞角的泥土中挖出几支锈得不成样子的暗器，在骷髅下方的坐垫下，找到一张绣有北斗七星的绢画，仔细查找一番，这才离去。
回去之后，清虚散人将画图仔细研究，只看出了海云子将九阴真经沉入山溪，其余也理不出个头绪。
此时，九阴真经重现江湖之言甚盛，天下群雄为之趋之若鹜，清虚散人知自己武学造诣一般，难以保护好经书，也就对此事秘而不露，缄口如瓶，遂将经书与北斗七星图锁于箱中，假以时日，再图破解图中秘密。
这年，清虚散人云游至河南陈留，见当地首富之子王喆因误食毒菌，手足僵硬，面呈死色，跟死尸没有分别。就在王喆入殓之时，清虚散人搓热双掌，解开殓服，在王喆胸口一阵揉揣，用热醋溶化三颗药丸，灌入王喆口中。
一会儿，王喆睁开双眼，见满堂白幔，自己躺在棺椁之中，甚不解，王父也不细说，直接将王喆拉到清虚散人面前，按倒就拜，叩谢救命之恩。
王家富庶，愿奉上十万纹银，感谢清虚散人救命之恩。清虚散人见王喆骨骼惊奇，天赋奇禀，乃不可多得的武学奇才，遂推托赏金，要王喆束发为道。
此时，大宋朝野上下，个个笃信道教，优遇方士，就连皇帝也奉道教为国教，王家对此也就无有异议，遂让王喆跟随其清虚散人学道。此番王喆也算是死里逃生，重返阳世，清虚散人便送其道号重阳。
王重阳本就资秉天赋，聪慧绝伦，短短十年，武功造诣便深不可测，达到出神入化的地步。
这年，清虚散人自知不久就要羽化归仙，于是单独将王重阳叫到屋中，取出那只尘封已久的箱子，拂去尘埃，拿出两幅图画，与王重阳一道研究。
王重阳首先看那幅秋夜星空的北斗七星图画，见那七颗大星上，每个都有一个道装小人，王重阳本就乃慧根夙具之士，立刻猜度出，这七颗星宿代表着武学的一个阵势，需要合七人之力才可达成。
清虚散人遂给这阵势起名天罡北斗阵，并让他自创门派，收七个慧根夙具的徒弟，排练此种阵法。
紧接着，清虚散人面色凝重，拿起另外一卷画轴，将九阴真经的来龙去脉和盘托出。此时的王重阳江湖阅历已有十年之久，自是知道九阴真经乃是集天下武学之大成之作，不知多少武术名家为此横死江湖。
王重阳仔细看那图画，画中为西岳华山，整个画面，山云空静，风光如染，巍峨的山岳，白云如海，古木参天，山下有一清溪，流水溅溅，岸边蓑衣老人，于古松之下，垂纶而钓，半山有一妙龄女子，起舞长剑，衣飘袂举，神态逼肖。
就在王重阳对着画卷发呆之时，左手无意将那枣木做成画轴用手推了一下，不想画轴与画纸连接之处，竟弹出一块纸片，纸片上字为蝇头小指，字迹清秀，详细告知，九阴真经藏于华山七林溪边的石鱼腹内。
就在这时，忽然听到嗤嗤几声，五颗寒星向盘膝而坐的清虚散人身上袭来。王重阳手疾眼快，左手捧定画图，右千长袖一拂，将这五颗暗器拂落地上。
王重阳将画轴一放，越出窗外，只见十几丈外，一个头戴羊角帽的僧人，起落如飞，向山下狂奔。王重阳提气用力，急行如飞，倏起倏落，几下便到了那僧人后面。
王重阳定睛一看，那僧人肌肤古铜，满面虬髯，僧衣怪异，和中原的和尚大不相同。那僧人见王重阳追近，突然身形一顿，并不回头，如木偶般的立在那里。
王重阳见那僧人立而不动，站而不拒，不由有点诧异，为了慎重，不用毒手，骈起右手中食二指，猛地向那僧人后背“凤府穴”点了过去。
这一指，就算是磐石也要洞裂，哪知指尖触处，对方身体竟像一个吹胀了的气球，穴道随肌肉内陷，将王重阳的指力完全消解，化于无形。
那僧人突然转过头来，目射凶光，嘴巴张开，一股阴冷奇寒之气从口中喷出，射中王重阳的胸口。就在王重阳身如触电，浑身寒噤之时，那僧人跳了起来，继续往山下跑去。
好在王重阳根基深厚，元气坚定，将丹田罡气提了上来，四肢百骸运转一周，暖和全身，立即施展轻功追了上去。
那僧人本就轻功不及王重阳，加之受了内伤，速度大减，王重阳几下起落，便已赶到。僧人知道逃脱不掉，故伎重施，岂料王重阳早有防备，一拳打中僧人命门，僧人一口鲜血吐出，扑倒在地，不在动弹。王重阳怕他再次使诈，一脚飞起，将那僧人踢出两丈，身如烂泥，不在动弹，王重阳上去一探，鼻息全无，显然已经死去。
王重阳念及师父安危，匆匆返回，禀告师父刚才之事。清虚散人一声叹息，告知王重阳，那僧只是假死，并未真死。
原来，此人为南诏五毒教。五毒教位于山高林密的群山之中，一般少有外人所知。五毒教人丁稀少，为了保命，于是修炼一种古老的邪术，修炼这种邪术需要躺在古冢或棺椁之中，吸收天地穷阴凝闭之气，才可大成。
大成之后，可以将身体任何部位，运起气来，变成棉花一般柔软，全不着力，而且还能运转腐尸之气，布满全身，四肢百骸，触手冰冷，鼻息全无，和死人一般模样，就算是埋入土中，三四个时辰后，也可复活破土而出。
经这一后，王重阳开始也闭气练功，学这假死的功夫，至于后来，王重阳假死，引诱欧阳锋前来盗取九阴真经，破棺飞出，破了他的蛤蟆功，在《射雕英雄传》中，有详尽记载，这里就暂不累述。
清虚散人让王重阳一二十年后，武功大成之时，再去华山找寻九阴真经。一切安顿妥当之后，清虚散人双目垂帘，两手按膝，不到一盏茶的功夫，便魂归净土。
王重阳放声大哭，料理完师父身后之事，便开始遵从师命，再终南山创立了全真教，之后踏遍三山五岳，收了马钰、丘处机、谭处端、王处一、郝大通、刘处玄和孙不二七人为徒，将全身武学，倾囊传授，更让他们苦练天罡北斗阵，集七人之力，以备不时之需。
期间，王重阳途经山东宁海，见一孤儿天赋秉异，根骨之佳，实为世间少见，于是给他起名周伯通，传授其武功，但却不以师徒相称，只让他称自己为师兄。
星移斗换，荏苒十年。王重阳自负武功已天下第一，决定再上华山，取回九阴真经。
再说那昔日被王重阳所伤的僧人，本叫木阇罗，乃云南五毒派教主达尼摩的徒弟。当年五毒教内讧，达尼摩身死。木阇罗在云南立脚不住，只得逃亡中原。
木阇罗虽精通五毒教的邪术，但那全是一些保命之法，于是想到前往少林盗取少林秘藏易筋经，作为练功之用，哪知他人生路不熟，竟将终南山误认为嵩山，无意中偷听到清虚散人临终之言，哪知他得意忘形，现出形迹，被王重阳所伤。
下山不久，木阇罗便内伤复发，自知不久于人世。木阇罗虽明知生机已绝，终是不甘，病急乱投医，到处拜访武林高手，希望起死回生，恰好遇到的西毒欧阳锋。
木阇罗见欧阳锋形貌诡异，身随蛇阵，气派不凡，一看便知是自己同道中人，于是上前乞助，并将自己受伤经过全部吐露。
欧阳锋听到木阇罗说出九阴真经下落之后，狰笑一声，掌力一震，便将木阇罗心脉震断，木阇罗当即口鼻出血，立时毙命。
欧阳锋杀了木阇罗之后，知道百年来人们趋之若鹜的九阴真经就在华山之上，立刻打消了返回西域的念头，直上华山，遍访山中居民，樵夫猎户，找寻九阴真经的线索，然而连找十年，仍是毫无头绪。
这日，王重阳见一块山石前倚高山，后临绝壁，旁边一枯涧藤蔓香草封蔽，远远望去，那山石宛若衣飘袂举的女子，握剑而舞。
王重阳走到枯涧对岸，有一块奇石，石形奇特，显然是人工凿刻，上面布满藤萝。王重阳将那藤萝一捋，向外一拔，藤萝连土带泥，离了奇石，石底现出一洞，洞中一掏，取出一只生满锈痕的铁盒。
王重阳大开铁盒，内有一只羊脂美玉雕成玉符，符上只有八个细字：石如圆桌，垂竿之处。
王重阳知道这是所指孝子石，于是来到枯涧上游孝子石旁的水潭，但见潭水深碧莹滑，平波若镜，潭中有一圆石，圆桌大小。王重阳跳上圆石，坐在上面，左手伸手，水下乱摸，也就是一刻钟的时间，右手提出一方重达百斤的鱼形怪石。
就在此时，欧阳锋飞身而至，抓向那鱼形怪石，王重阳一接一挡，只听砰砰两声，硬生生的用自己掌力将其封回。欧阳锋不由退后三步，顿觉一条胳臂火辣生疼。
二人初次交手，只一个照面，便已拆了三招。欧阳锋见对方武功不比寻常，只好沉住气，用雪山掌法，夹着五行之式，攻击王重阳。一刹那，四面八方都是欧阳锋的身影，有如狂风暴雨。
王重阳沉着应付，虽守多攻少，却是沉稳异常，有如长江之水，连绵不绝。
欧阳锋生性强悍，眼见三百多个回合过后，自己招数用尽，对方从容化解，而且挥洒自如，十分自然，仿佛根本没把自己放在心上，随即双臂一腿，向前伸张，整个身躯向王重阳扑来，不想觉得眼前一花，王重阳飘忽不见。
欧阳锋见扑了个空，暗叫不妙，正想转身回臂，却已为时已晚，一股凄厉掌风袭来，重重击在欧阳锋的后背。紧接着，欧阳锋屁股中了一脚，如同腾云驾雾似的，升起三丈多高，然后笔直垂落，跌了个五体投地。
欧阳锋自知不是王重阳对手，当即头也不回，穿林而去。
王重阳将石鱼翻转过来，见鱼腹近尾巴之处，有一细微裂痕，于是运足丹田之劲，向此处拍去，只听喀喇一声，石缝开裂，石腹一分为二，现出一只棕黑斑驳，一尺多长，两寸多高的方盒。
打开方盒，正是那梦寐以求的武林奇书“九阴真经”。